建立規范的公立醫院運行機制。公立醫院要遵循公益性質和社會效益原則，堅持以病人為中心，優化服務流程，規范用藥、檢查和醫療行為。深化運行機制改革，建立和完善醫院法人治理結構，明確所有者和管理者的責權，形成決策、執行、監督相互制衡，有責任、有激勵、有約束、有競爭、有活力的機制。推進醫藥分開，積極探索多種有效方式逐步改革以藥補醫機制。通過實行藥品購銷差別加價、設立藥事服務費等多種方式逐步改革或取消藥品加成政策，同時采取適當調整醫療服務價格、增加政府投入、改革支付方式等措施完善公立醫院補償機制。進一步完善財務、會計管理制度，嚴格預算管理，加強財務監管和運行監督。地方可結合本地實際，對有條件的醫院開展“核定收支、以收抵支、超收上繳、差額補助、獎懲分明”等多種管理辦法的試點。改革人事制度，完善分配激勵機制，推行聘用制度和崗位管理制度，嚴格工資總額管理，實行以服務質量及崗位工作量為主的綜合績效考核和崗位績效工資制度，有效調動醫務人員的積極性。
健全醫療保險經辦機構運行機制。完善內部治理結構，建立合理的用人機制和分配制度，完善激勵約束機制，提高醫療保險經辦管理能力和管理效率。
(十)建立政府主導的多元衛生投入機制。明確政府、社會與個人的衛生投入責任。確立政府在提供公共衛生和基本醫療服務中的主導地位。公共衛生服務主要通過政府籌資，向城鄉居民均等化提供。基本醫療服務由政府、社會和個人三方合理分擔費用。特需醫療服務由個人直接付費或通過商業健康保險支付。
建立和完善政府衛生投入機制。中央政府和地方政府都要增加對衛生的投入，并兼顧供給方和需求方。逐步提高政府衛生投入占衛生總費用的比重，使居民個人基本醫療衛生費用負擔有效減輕；政府衛生投入增長幅度要高于經常性財政支出的增長幅度，使政府衛生投入占經常性財政支出的比重逐步提高。新增政府衛生投入重點用于支持公共衛生、農村衛生、城市社區衛生和基本醫療保障。
按照分級負擔的原則合理劃分中央和地方各級政府衛生投入責任。地方政府承擔主要責任，中央政府主要對國家免疫規劃、跨地區的重大傳染疾病預防控制等公共衛生、城鄉居民的基本醫療保障以及有關公立醫療衛生機構建設等給予補助。加大中央、省級財政對困難地區的專項轉移支付力度。
完善政府對公共衛生的投入機制。專業公共衛生服務機構的人員經費、發展建設和業務經費由政府全額安排，按照規定取得的服務收入上繳財政專戶或納入預算管理。逐步提高人均公共衛生經費，健全公共衛生服務經費保障機制。
完善政府對城鄉基層醫療衛生機構的投入機制。政府負責其舉辦的鄉鎮衛生院、城市社區衛生服務中心(站)按國家規定核定的基本建設經費、設備購置經費、人員經費和其承擔公共衛生服務的業務經費，使其正常運行。對包括社會力量舉辦的所有鄉鎮衛生院和城市社區衛生服務機構，各地都可采取購買服務等方式核定政府補助。支持村衛生室建設，對鄉村醫生承擔的公共衛生服務等任務給予合理補助。
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